כמו בכל היבט בתרבותם גם אלוהיהם של הפלשתים ופולחנם היו עירוב של מסורת אגאית ומקומית. התנ"ך מזכיר את האלים דגון (dagon) ובעל זבוב (ba'al zvuv) כאלי הפלשתים אך למעשה היו אלו אלים מקומיים שהפלשתים אימצו. מארצות מולדתם נשאו הפלשתים את האלה פתגיה (pitogaya) אם האלים האדם החי הצומח והאדמה. ריבוי צלמיה בישוביהם מעיד על אהבתם אותה.